L'enjeu premier de la gestion de données marines est lié à la valeur de la donnée. En effet, toute donnée d'observation du milieu marin est précieuse car non reproductible en raison des nombreux changements environnementaux. Chaque donnée collectée permet donc de caractériser l'observation de ces changements. De plus, l’acquisition d'une donnée à un coût qui peut être élevé (campagne sur navire océanographique, satellites, ...). La gestion des données marines a, de fait, émergé en tant qu'aspect crucial de la recherche scientifique océanographique.

La nécessité de comparer des données sur plusieurs années a mis en lumière l'importance de leur conservation. Une fois la gestion de ces données devenue essentielle, des enjeux spécifiques ont émergé au sein du processus de gestion des données.